Проблема в том, что вы используете идентификатор дважды, и каждый идентификатор относится к другой таблице.
Вы можете использовать псевдоним, чтобы избежать этого неоднозначного идентификатора.
SELECT *
FROM (
SELECT
status_2 as mf.id, mf.utm_source, mf.utm_medium, mf.utm_campaign,
mf.utm_term, mf.ga_client_id as mf.client_id
FROM `my file` mf
WHERE length(status_2) > 5
), (
SELECT af.id, af.utm_source, af.utm_medium, af.utm_campaign, af.utm_term, af.client_id
FROM `another file` af
WHERE id is not null
)
GROUP BY mf.id, af.utm_source, af.utm_medium, af.utm_campaign, af.utm_term, mf.client_id