R изменение аргументов из командной строки?

Question

Я пытаюсь запустить сценарий R, используя команды, переданные из командной строки.

Сценарий просто:

args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
print(args)
print(args[1])
print(args[2])
data <- load(args[1])
print(args[2])

Однако, когда я запускаю с помощью команды Rscript extract_snppos.r BEAUX_p_TCGA_b109_SNP_2N_GenomeWideSNP_6_E01_772042.CEL.Log.R.Ratio.RData /n/data1/hms/dbmi/park/doga/TCGA_BRCA_examples/ASCAT/LRR_BAF_DEFAULTCLUSTER_ascat/test.txt, Я получаю:

[1] "BEAUX_p_TCGA_b109_SNP_2N_GenomeWideSNP_6_E01_772042.CEL.Log.R.Ratio.RData"
[2] "/n/data1/hms/dbmi/park/doga/TCGA_BRCA_examples/ASCAT/LRR_BAF_DEFAULTCLUSTER_ascat/test.txt"                                                                                                                     
[1] "BEAUX_p_TCGA_b109_SNP_2N_GenomeWideSNP_6_E01_772042.CEL.Log.R.Ratio.RData"
[1] "/n/data1/hms/dbmi/park/doga/TCGA_BRCA_examples/ASCAT/LRR_BAF_DEFAULTCLUSTER_ascat/test.txt"

[1] "/n/data1/hms/dbmi/park/doga/TCGA_BRCA_examples/test/SNPpos.txt"

Кажется, что второй аргумент для args изменяется, но я не уверен, почему. Все, что я знаю, это то, что файл RData содержит объект SNPpos, который я пытаюсь записать в файл, но я не уверен, почему он меняет args.