Я подозреваю, что в конечном итоге у вас возникнут проблемы, если вы не используете XCode. Тем не менее, безусловно, можно сделать все, что угодно iPhone без использования Interface Builder. Вы просто определяете множество прямоугольников и пиксельных констант в своем коде и вызываете (например) addTarget, чтобы подключить действия к методам.
UIButton *myButton = [[UIButton alloc] initWithFrame:CGRectMake(MYBUTTON_X, MYBUTTON_Y, MYBUTTON_WIDTH, MYBUTTON_HEIGHT)];
[myButton addTarget:self action:@selector(foo) forControlEvents:UIControlEventTouchUpInside];
[self.view addSubview:myButton];
[myButton release];
Это создает кнопку и вызывает ее при вызове метода "foo". Все, что может быть сделано в IB, может быть сделано в простом коде (хотя это часто бывает утомительнее).