Я предполагаю, что какая-то сортировка выполняется на основе отношений между сущностями (@OneToMany, @ManyToOne и др. c). Например, таблица Customers должна быть создана перед таблицей Orders, поскольку клиенты имеют отношение OneToMany с Orders, а объявление внешнего ключа находится в таблице Orders. Какой класс отвечает за определение порядка создания таблиц?
****** EDIT ******
Я нашел класс org.hibernate.tool.schema.internal.SchemaCreatorImpl и, глядя на код, он похоже, что нет никакого порядка как такового, он просто создает внешние ключи после создания всех таблиц. Я на правильном пути?