объединить все списки, подсчитать элементы, оставить только те, которые уникальны. Далее используется список списков, а не словарь (что не приносит никакой ценности). Использование встроенных пакетов - самый быстрый и самый быстрый pythoni c:
import collections,itertools
lst = [["A","B","C"], ["A","D","C"], ["E","A"]]
# flatten lists and count elements
c = collections.Counter(itertools.chain.from_iterable(lst))
# filter, keep only elements counted once
result = [k for k,v in c.items() if v==1]
>>> result
['B', 'E', 'D']