Во-первых, используйте подзапрос для создания набора результатов, который вы можете легко обобщить. Этот UNION генерирует две строки для каждой строки вашей входной таблицы
SELECT in id, `count` in, 0 out FROM `table`
UNION ALL
SELECT out id, 0 in, count out FROM `table`
Это дает вам такой результат из первых трех строк вашей таблицы
id in out
1 500 0
3 0 500
1 200 0
2 0 200
1 100 0
2 0 100
Затем просуммируйте этот подзапрос:
SELECT id, SUM(in) in, SUM(out) out
FROM ( SELECT in id, `count` in, 0 out FROM `table`
UNION ALL
SELECT out id, 0 in, count out FROM `table`
) a
GROUP BY id