Какие у вас проблемы? Например, у меня это работает. Я отчетливо слышу изменение звука:
let c = new AudioContext();
let s = new OscillatorNode(c, {type: "sawtooth"});
s.connect(c.destination);
// Some random custom wave form
let w = new PeriodicWave(c, {real: [0, 1], imag: [0, 1]});
s.start();
// Wait a bit
s.setPeriodicWave(w);
// Sound changes