В компоненте «Новый или обновленный файл» есть атрибут - перейти в каталог. Он удалит файл с FTP.
<flow name="FTP_Flow">
<ftp:listener doc:name="On New or Updated File" config-ref="FTP_Config" autoDelete="true" moveToDirectory="/tmp" directory="/">
<scheduling-strategy >
<fixed-frequency />
</scheduling-strategy>
</ftp:listener>
</flow>
