Python массив только 1D, и я не могу использовать reshape для преобразования его в 2D - PullRequest
Новая
       127

Python массив только 1D, и я не могу использовать reshape для преобразования его в 2D

0 голосов
/ 10 июля 2020

Я создал две программы для запуска c моделирования системы химических реакций. В программе у меня есть функция, которая предназначена для обновления элементов массива с помощью derivative изменяющихся номеров молекул popul_num и сточастей c константы скорости каждой реакции stoch_rate В первой программе функция выглядит следующим образом: 

popul_num = np.array([1.0E9, 0, 0])
stoch_rate = np.array([1.0, 0.002, 0.5, 0.04])

def update_array(popul_num, stoch_rate): 
    """Specific to this model 
    will need to change if different model 
    implements equaiton 24 of the Gillespie paper""" 
    # calcualte in seperate varaible then pass it into the array 
    s_derviative = stoch_rate[1]*(2*popul_num[0] -1)/2
    b = np.array([[1.0, 0.0, 0.0], [s_derviative, 0.0, 0.0], [0.0, 0.5, 0.0], [0.0, 0.4, 0.0]])
    return b

Эта функция возвращает b, что является array из shape(4, 3)

В следующей программе я добавил больше реакций и больше реагентов и функция выглядит следующим образом: 

popul_num = np.array([1.0E5, 3.0E5, 0.0, 1.0E5, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0])
stoch_rate = np.array([0.015, 0.00016, 0.5, 0.002, 0.002, 0.8])

def update_array(popul_num, stoch_rate): 
    """Specific to this model 
    will need to change if different model 
    implements equaiton 24 of the Gillespie paper"""
    s_derivative = stoch_rate[0]*popul_num[1]*((popul_num[1] - 1)/2)   # derivative with respect to S is a function of X
    x_derivative = stoch_rate[0]*popul_num[0]*((2*popul_num[1] - 1)/2) # derivative with respect to X is a function of S
    r_derivative = stoch_rate[1]*((popul_num[3]*(popul_num[3]))/2)  
    r2_derivative = stoch_rate[2]*popul_num[4] # derivative with respect to R is a function of Y type = numpy.float64
    y_derivative = stoch_rate[3]*popul_num[3] # derivative with respect to Y is a function of R type = numpy.float64
    x2_derivative = stoch_rate[4]*((popul_num[1] - 1)/2)
    b = np.array([[x_derivative, s_derivative, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 
r_derivative, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, r2_derivative, y_derivative, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0, stoch_rate[3], 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [x2_derivative, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, stoch_rate[5], 0.0]]) 
    b.reshape((6,8))
    print("Shape b:\n", b.shape)
    return b

Только это возвращает array из shape(6,), и мне нужно, чтобы это был 2D-массив shape(6, 8) Я пробовал использовать метод reshape(), но это приводит к следующей ошибке: 

ValueError: cannot reshape array of size 6 into shape (6,8)

Которая появляется в строке, где я вызываю команду reshape()

Я не понимаю, чем отличается вторая функция, что означает, что она не 'Не вернуть 2D-массив?

Ура

1 Ответ

1 голос
/ 10 июля 2020

Одно значение отсутствует. В этом списке всего 7 значений: 

 [x2_derivative, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0]
...