Ваш CSV-файл неправильно отформатирован, это то, как выглядит ваш df
?
# column1 column2 column3
0 2 3 4 NaN
1 4 5 6 NaN
Попробуйте загрузить фрейм данных следующим образом:
pd.read_csv(infile, names = ['column1', 'column2', 'column3'], skiprows = [0])