Неважно, загружаете ли вы Python из Microsoft Store или из python .org. Важно то, что Python установлен в вашей системе и что любое приложение, использующее эту версию интерпретатора, может получить к нему доступ. Обычно это означает, что у вас есть какая-либо запись в переменной среды PATH в каталог вашего Python интерпретатора.
Судя по тому, что вы описали, похоже, что у вас могло быть более одной версии на вашем system, а затем вы удалили один и внесли некоторые изменения в переменную PATH. Я хотел бы подтвердить, что ваша переменная PATH верна и что вы можете запустить интерпретатор Python из окна командной строки, вызвав его напрямую. Если вы можете это сделать, тогда Atom сможет найти ваш Python интерпретатор. Если это невозможно, я бы рекомендовал удалить и переустановить Atom, а не удалять и переустанавливать Python.
Я хотел бы помочь больше, но мне потребуется дополнительная информация о вашей системе, чтобы предоставить более подробные c шаги.