Да. Если у вас есть веб-сервер, который получит INPUT от HTML и отправит его на ваш сервер, чтобы ваша программа C получила его и выполняла на основе этого ввода, а затем вы собираете этот вывод через свой сервер, и верните его через веб-сервер обратно на экран посетителя каким-либо читаемым или загружаемым способом.
Есть много простых примеров, когда (например) веб-сервер (apache2) принимает ввод с веб-страницы, отправляет он в бэкэнд (PHP), php затем выполняет внешнее приложение, чтобы сделать ЧТО-ТО с вводом и вернуть его через выходной буфер в PHP, который, в свою очередь, отправляет его обратно на страницу посетителя в некотором формате:
Checkout: PHP ob_start () для документации и примеров