Мне удалось заставить установщик создать ярлык для пакета в папке автозагрузки AllUsers, используя следующие команды:
$startupDir = [io.path]::GetFullPath($env:AllUsersProfile)
$fullstartpath = $startupDir + "\Start Menu\Programs\Startup\"
$project.InstallParameters.ApplicationShortcutFolder = $fullstartpath