Почему вы хотите слить мастер в dev / branch. Разве вы не должны объединить dev / branch в master? Кроме того, ваша гипотеза неверна.
После завершения слияния этот компонент X из dev / branch удаляется, так как он никогда не существовал в master.
При слиянии master в свою ветку разработки. Все коммиты, которые находятся на master, а не на вашем dev / branch, будут добавлены в ваш dev/branch. И в вашем случае происходит то же самое. И несвязанный код, о котором вы говорите, на самом деле находится на главном сервере, который будет объединен с dev/branch и git, вероятно, не знает, какой код ветки он использует для создания слияния, приводящего к конфликту.
I Предлагаю прервать слияние, используя git merge --abort, и подумать, действительно ли вы хотите слить мастер с dev / branch? Чего именно вы хотите добиться.