Похоже, что php не знает, что такое исполняемый файл, возможно, он не знает, что это за команда (это может быть не в вашем $PATH
), или это встроенная оболочка, вам может быть лучше запуск команды с bash -c "which mysql"
или что-то в этом роде, чтобы заставить ваш скрипт запускать ее в контексте реального сеанса оболочки.