Как сохранить видимость моих категорий на графике после достижения Kmeans в R? - PullRequest
Новая
       101

Как сохранить видимость моих категорий на графике после достижения Kmeans в R?

0 голосов
/ 04 августа 2020

Как сохранить визуализацию факторной переменной без какого-либо числа при кластеризации? Я хочу более элегантную визуализацию данных. Не как на картинке:

enter image description here

Yet, the one I retrieved from my kmean clustering does seem to be as nice as in the - https://afit-r.github.io/kmeans_clustering. Как видите, автору удается изобразить города как фактор, где имена видны.

Вот данные, которые у меня есть: 

data_piv <- structure(list(Comorbidities = structure(1:9, .Label = c("asthma", 
    "diabetes_type_one", "diabetes_type_two", "heart_disease", "hypertension", 
    "kidney_disease", "liver_disease", "lung_condition", "obesity"
    ), class = "factor"), chills = c(26L, 22L, 23L, 43L, 22L, 15L, 
    43L, 24L, 20L), cough = c(58L, 57L, 56L, 57L, 59L, 60L, 62L, 
    58L, 59L), diarrhoea = c(21L, 14L, 16L, 25L, 19L, 21L, 25L, 19L, 
    22L), fatigue = c(59L, 51L, 53L, 62L, 54L, 49L, 62L, 56L, 54L
    ), headache = c(44L, 30L, 34L, 44L, 39L, 33L, 48L, 43L, 42L), 
        loss_smell_taste = c(21L, 21L, 19L, 25L, 19L, 23L, 28L, 20L, 
        19L), muscle_ache = c(47L, 44L, 43L, 60L, 46L, 43L, 56L, 
        45L, 46L), nasal_congestion = c(34L, 25L, 32L, 36L, 33L, 
        33L, 46L, 38L, 34L), nausea_vomiting = c(11L, 10L, 9L, 18L, 
        7L, 12L, 28L, 13L, 9L), shortness_breath = c(61L, 36L, 32L, 
        53L, 35L, 50L, 44L, 50L, 37L), sore_throat = c(46L, 36L, 
        39L, 51L, 49L, 50L, 57L, 45L, 49L), sputum = c(47L, 34L, 
        41L, 50L, 39L, 41L, 47L, 46L, 43L), temperature = c(20L, 
        31L, 31L, 32L, 23L, 18L, 38L, 23L, 20L)), row.names = c(NA, 
    -9L), groups = structure(list(Comorbidities = structure(1:9, .Label = c("asthma", 
    "diabetes_type_one", "diabetes_type_two", "heart_disease", "hypertension", 
    "kidney_disease", "liver_disease", "lung_condition", "obesity"
    ), class = "factor"), .rows = structure(list(1L, 2L, 3L, 4L, 
        5L, 6L, 7L, 8L, 9L), ptype = integer(0), class = c("vctrs_list_of", 
    "vctrs_vctr", "list"))), row.names = c(NA, 9L), class = c("tbl_df", 
    "tbl", "data.frame"), .drop = TRUE), class = c("grouped_df", 
    "tbl_df", "tbl", "data.frame"))

Вот k-среднее Я применил кластеризацию: 

data_scaled <- as.data.frame(scale(data_piv[2:14])) 
km_res <- kmeans(data_scaled, centers = 4, nstart = 25)

И попытался построить его: 

fviz_cluster(km_res, data = data_piv)

И, конечно же, изображение выше было получено с преобразованием сопутствующих заболеваний в целое число. Тем не менее, как я уже сказал, мне не нравится, поскольку это не элегантно. Я хочу вместо чисел получить фактические имена факторной переменной. Может кто поможет?

1 Ответ

1 голос
/ 04 августа 2020

Это может помочь: 

library(factoextra)
#Code
data_piv <- as.data.frame(data_piv)
data_piv$Comorbidities <- as.character(data_piv$Comorbidities)
rownames(data_piv) <- data_piv$Comorbidities
data_scaled <- as.data.frame(scale(data_piv[2:14])) 
km_res <- kmeans(data_scaled, centers = 4, nstart = 25)
fviz_cluster(km_res, data = data_scaled)

введите описание изображения здесь

...