Это действительно возможно, но вам нужно запустить его из cmd.exe или powershell
System.Diagnostics.Process process = new System.Diagnostics.Process();
System.Diagnostics.ProcessStartInfo startInfo = new System.Diagnostics.ProcessStartInfo();
startInfo.UseShellExecute = true;
startInfo.CreateNoWindow = false;
startInfo.WindowStyle = System.Diagnostics.ProcessWindowStyle.Normal;
startInfo.FileName = "cmd.exe";
startInfo.Arguments = @"/C dotnet ef dbcontext scaffold 'Data Source = (localdb)\MSSQLLocalDB; Initial Catalog = Chinook' Microsoft.EntityFrameworkCore.SqlServer";
process.StartInfo = startInfo;
process.Start();
Console.Read();