Тестовые строки при чтении сжатого файла с помощью data.table :: fread

Question

Я пишу функцию для анализа выходных данных с указанием c в программное обеспечение (bismark stranded_CpG_report):

21      13      +       0       0       CG      CGA
21      14      -       0       0       CG      CGA
21      100     +       0       0       CG      CGT
21      101     -       0       1       CG      CGC
21      150     +       2       0       CG      CGG

Поскольку эти файлы огромны, мне нужно отфильтровать строки с 0 в 4-й и 5-й столбцы.

Теперь единственный способ, которым я знаю, как этого добиться, - это вызвать команду оболочки:

fread(cmd=paste("zcat -f ", "path/to/file.tsv" ," | awk '$4 || $5'"), stringsAsFactors=FALSE)

У меня два вопроса:

• Есть ли другой способ проверить строки при чтении с помощью fread, чем вызов команд оболочки? Как и встроенные функции, которые будут работать как с Unix, так и Windows.
• Вызов команды awk без zcat не работает со сжатым файлом, есть ли причина, почему? Он хорошо работал без параметра cmd.

Спасибо за вашу помощь