Если «Версия A» включает только локальные изменения, которые вы еще не зафиксировали, тогда Eclipse git checkout (также известный как возврат) показывает, как делать то, что вы хотите.
Если «Версия A» включает еще одну фиксацию в вашей git истории, а «версия B» указана, c https://wiki.eclipse.org/EGit/User_Guide#Resetting_your_current_HEAD объясняет, как делать то, что вы хотите.