У вас должен быть один контекст для каждой базы данных. Чтобы быть более точным, у вас должен быть один контекст для каждого поддомена вашего приложения, который обычно совпадает с базой данных. Однако в чем-то вроде архитектуры микросервисов или просто в любом шаблоне стиля DDD у вас, по сути, будет контекст для каждой службы, соответствующий каждому дискретному фрагменту вашего домена.
В любом случае, вы d никогда не использовать контекст для каждой сущности, так как это было бы практически бесполезно.