Поскольку вы не предоставили данные, я сделал предположение о том, как они структурированы. Это решение сработало на моей стороне:
x<-rnorm(100)
y<-rnorm(100)
library(lubridate);library(ggplot2)
df<-as.data.frame(cbind(x,y))
df$start_date <- as.Date('2015-01-01')
df$end_date <- as.Date('2017-01-01')
set.seed(1984)
df$mydate<-as.Date(sample( as.numeric(start_date): as.numeric(end_date), 10,
replace = T), origin = '1970-01-01')
df$myyear<-year(df$mydate)
df$mymonth<-month(df$mydate)
mymonths <- c("Jan","Feb","Mar",
"Apr","May","Jun",
"Jul","Aug","Sep",
"Oct","Nov","Dec")
df$MonthAbb <- mymonths[ df$mymonth ]
ggplot(df, aes(MonthAbb,y))+geom_point()+facet_wrap(~myyear)