Извините, это невозможно. В MSI есть мьютекс, который предотвращает одновременный запуск двух MSI. (Есть небольшое исключение из этого правила, но оно исключает любую надежду на правильную автоматическую установку.)
Вы можете использовать WiX Burn для создания установочного файла setup.exe. NET, а затем вашего MSI .
Или ваше приложение может переключиться на. NET Core и собрать его собственное. NET внутри MSI без установки общесистемного экземпляра.