argparse работает при вызове скрипта, но не при включении в новый скрипт

Question

Вот моя основная c проблема:

У меня есть следующее: имя файла: parseFastq.py выполнение: через код командной строки для его запуска: python3 parseFastq.py --fastq / Users /remaining_dir/test1.fastq

Этот код работает !!!

Однако, когда я копирую компоненты parseFastq.py, возникают проблемы.

Ниже приведен код:

Сначала определяется класс ... эта часть работает и отлично работает в моем новом скрипте.

import argparse
import gzip
#Example use is 
# python parseFastq.py --fastq /Users/remaining_dir/test1.fastq

################################################
# You can use this code and put it in your own script
class ParseFastQ(object):
    """Returns a read-by-read fastQ parser analogous to file.readline()"""
    def __init__(self,filePath,headerSymbols=['@','+']):
        """Returns a read-by-read fastQ parser analogous to file.readline().
        Exmpl: parser.__next__()
        -OR-
        Its an iterator so you can do:
        for rec in parser:
            ... do something with rec ...

        rec is tuple: (seqHeader,seqStr,qualHeader,qualStr)
        """
        if filePath.endswith('.gz'):
            self._file = gzip.open(filePath)
        else:
            self._file = open(filePath, 'rU')
        self._currentLineNumber = 0
        self._hdSyms = headerSymbols

    def __iter__(self):
        return self

    def __next__(self):
        """Reads in next element, parses, and does minimal verification.
        Returns: tuple: (seqHeader,seqStr,qualHeader,qualStr)"""
        # ++++ Get Next Four Lines ++++
        elemList = []
        for i in range(4):
            line = self._file.readline()
            self._currentLineNumber += 1 ## increment file position
            if line:
                elemList.append(line.strip('\n'))
            else: 
                elemList.append(None)

        # ++++ Check Lines For Expected Form ++++
        trues = [bool(x) for x in elemList].count(True)
        nones = elemList.count(None)
        # -- Check for acceptable end of file --
        if nones == 4:
            raise StopIteration
        # -- Make sure we got 4 full lines of data --
        assert trues == 4,\
               "** ERROR: It looks like I encountered a premature EOF or empty line.\n\
               Please check FastQ file near line number %s (plus or minus ~4 lines) and try again**" % (self._currentLineNumber)
        # -- Make sure we are in the correct "register" --
        assert elemList[0].startswith(self._hdSyms[0]),\
               "** ERROR: The 1st line in fastq element does not start with '%s'.\n\
               Please check FastQ file near line number %s (plus or minus ~4 lines) and try again**" % (self._hdSyms[0],self._currentLineNumber) 
        assert elemList[2].startswith(self._hdSyms[1]),\
               "** ERROR: The 3rd line in fastq element does not start with '%s'.\n\
               Please check FastQ file near line number %s (plus or minus ~4 lines) and try again**" % (self._hdSyms[1],self._currentLineNumber) 
        # -- Make sure the seq line and qual line have equal lengths --
        assert len(elemList[1]) == len(elemList[3]), "** ERROR: The length of Sequence data and Quality data of the last record aren't equal.\n\
               Please check FastQ file near line number %s (plus or minus ~4 lines) and try again**" % (self._currentLineNumber) 

        # ++++ Return fatsQ data as tuple ++++
        return tuple(elemList)
##########################################################################

Это код, который не будет работать при вызове в том же скрипте; это связано с размещением частей:

if __name__ == "__main__":
parser = argparse.ArgumentParser(description='Process fasq files and seperaate into 4 categories')
parser.add_argument("-f",  "--fastq", required=True, help="Place fastq inside here")
args = parser.parse_args()

fastqfile = ParseFastQ(args.fastq)

Я пробовал следующее, и я не могу получить файл fastqfile, который должен содержать кортеж со следующим: (seqHeader, seqStr, qualHeader, qualStr)

Попытка:

parser.add_argument("-/Users/remaining_dir/test1.fastq",  "--fastq", required=True, help="Place fastq inside here")

Ошибка:

argument -/Users/remaining_dir/test1.fastq/--fastq: conflicting option string: --fastq

Попытка:

parser.add_argument("-/Users/remaining_dir/test1.fastq",  "-@", required=True, help="Place fastq inside here")

Выход [332]:

_StoreAction(option_strings=['-/Users/remaining_dir/test1.fastq', '-@'], dest='/Users/remaining_dir/test1.fastq', nargs=None, const=None, default=None, type=None, choices=None, help='Place fastq inside here', metavar=None)

далее строка:

Ошибка:

usage:  [-h] -/Users/remaining_dir/test1.fastq
        /USERS/REMAINING_DIR/TEST1.FASTQ
: error: the following arguments are required: -/Users/remaining_dir/test1.fastq/-@
An exception has occurred, use %tb to see the full traceback.

SystemExit: 2

 when %tb selected the following info was give: 
 File "/Users/brownbear/opt/anaconda3/lib/python3.7/argparse.py", line 2508, in error
    self.exit(2, _('%(prog)s: error: %(message)s\n') % args)

  File "/Users/brownbear/opt/anaconda3/lib/python3.7/argparse.py", line 2495, in exit
    _sys.exit(status)

если полезно, я включаю некоторые образцы данных fastq

@seq13534-419
GCAGTAGCGGTCATAAGTGGTACATTACGAGATTCGGAGTACCATAGATTCGCATGAATCCCTGTGGATACGAGAGTGTGAGATATATGTACGCCAATCCAGTGTGATACCCATGAGATTTAGGACCGATGATGGTTGAGGACCAAGGATTGACCCGATGGATGCAGATTTGACCCCAGATAGAATAAATGCGATGAGATGATTTGGCCGATAGATAGATAGTGTCGTGAGGTGACGTCCGTCACTGGACGAA
+
IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIDIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIFFFFDFFDFFDDFDFDFFFFDDFFDDFDDFF
@seq86249-867
GGATTAGCGGTCATAAGTCGTACATTACGAGATTCGGAGTACCATAGATTCGCATGAATCCCTGTGGATACGAGAGTGTGAGATATATGTACGCCAATCCAGTGTGATACCCATGAGATTTAGGACCGATGATGGTTGAGGACCAAGGATTGACCCGATGGATGCAGATTTGACCCCAGATAGAATAAATGCGATGAGATGATTTGGCCGATAGATAGATAGAGGTCAGTATAACCTCTCAAAGCTTTATCTACGGATGGATCCGCGC
+
IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIDIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIDDFDDDDDDFFDFDDFDDDFDFFDDFFFFFFFFFDDFDFFDDFDDF
@seq46647-928
GACCTAGCGGTCATAAGTGGTACATTACGAGATTCGGAGTACCATAGATTCGCATGAATCCCTGTGGATACGAGAGTGTGAGATATATGTACGCCAATCCAGTGTGATACCCATGAGATTTAGGACCGATGATGGTTGACGACCAAGGATTGACCCGATGGATGCAGATTTGACCCCAGATAGAATAAATGCGATGAGATGATTTGGCCGATAGATAGATAGTAAGTAAATGCCACGGACTCGTCACGTG
+
IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIDIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIDDDFDFDFFFFFDFFDFDFDDDDDFDFF

Любая помощь будет признательна о том, почему это работает, когда я запускаю сценарий, но теперь, когда я пытаюсь включить в сценарий

Answer 1

решение состояло из двух основных частей

Я пытался запустить argparse через IDE (Spyder) и запускал только выбранный код, а не все сценарии.

Для тех, кто плохо знаком с python и впервые использует argparse ... этот инструмент работает только при вызове из командной строки.

Следовательно, как только вы создали свою таблицу аргументов

, вы запустите как показано ниже: L

из командной строки:

python3 parseFastq.py --fastq test1.fastq 

Чтобы разбить это на части дальше от начальной настройки вы в основном маркируете свой файл test1.fastq тегом --fastq ... это критично, если вы получаете ошибку, которая требуется в определенном формате, заключается в том, что вы должны добавить их в пары ... в этом конкретном примере вы также можете обозначить короткой рукой "-f". Следовательно, его также можно запустить как ...

из командной строки:

python3 parseFastq.py -f test1.fastq 

, пока ваш скрипт py запускается в том же каталоге, что и ваши вызываемые файлы, вы не нужно полное расширение.

Answer 2

Чтобы ответить на ваш вопрос, насколько я понимаю, вы можете просто добавить еще один аргумент в синтаксический анализатор следующим образом.

if __name__ == "__main__":
    parser = argparse.ArgumentParser(description='Process fasq files and seperaate into 4 
            categories')
    parser.add_argument("-f",  "--fastq", required=True, help="Place fastq inside here")
    parser.add_argument("-t",  "--type", required=True, help="The type of file")
    args = parser.parse_args()

    print(args.fastq)
    print(args.type)

И затем назвать его так.

python3 parseFastq.py --fastq /Users/remaining_dir/test1.fastq --type fastq