Ваш рекурсивный make-файл выглядит так:
foo:
make -C src1
make -C src2
Или вот так:
foo:
${MAKE} -C src1
${MAKE} -C src2
Я думаю, вам нужно использовать второй стиль, если вы хотите, чтобы флаги передавались дочерним процессам make. Может быть ваша проблема.