Если вы увлажняете разметку, отрендеренную сервером, лучше использовать параметр hydrate: true (здесь документы ).
Если target ранее был занят компонентом Svelte, лучше вызвать метод $destroy() этого компонента.
В противном случае самый простой способ - просто очистить элемент target :
target.innerHTML = '';
new Component({ target });