Нет простого способа сделать это, поэтому вам придется придумать не такой простой способ и закодировать его.
Вероятно, самый простой способ - скопировать поток без этих байтов в новый файл, а затем переименуйте новый файл поверх старого. Обратите внимание, что это сделает недействительными все существующие дескрипторы файлов (они по-прежнему будут относиться к старому файлу), поэтому вам нужно будет закрыть и снова открыть их.