В строке 298 есть:
tmp.wrapInner('<div style="width:' + w + ';height:' + h + ';overflow: ' + (selectedOpts.scrolling == 'auto' ? 'auto' : (selectedOpts.scrolling == 'yes' ? 'scroll' : 'hidden')) + ';position:relative;"></div>');
вам нужно удалить:
;overflow: ' + (selectedOpts.scrolling == 'auto' ? 'auto' : (selectedOpts.scrolling == 'yes' ? 'scroll' : 'hidden')) +
'
так что эта строка будет выглядеть так:
tmp.wrapInner('<div style="width:' + w + ';height:' + h + ';position:relative;"></div>');
и затем удалите в css для содержимого fancybox атрибут переполнения.
Теперь ваши подсказки будут работать так, как должны.
Я знаю, что автор fancybox v1 сделал там оператор if, который будет транслировать переполнение auto / hidden для прокрутки или не прокручивать, но он должен сделать if для всего параметра overflow, потому что это вызывает проблемы с перекрытием.
Извините за мой плохой английский, я спешу.