Да, просто создайте массив категорий, которые вы хотите пропустить, и добавьте условие соответствия перед группой, как это
db.getCollection('product_list').aggregate([
{
$match:{
"product.name":{
$nin:['apple,'mango']
}
},{
$group:{
"_id":{"source":"$product.name},
"count":{$sum:1}
}
])