Без дополнительной информации сложно точно сказать, в чем проблема. Мне кажется, что вы пытаетесь запустить скрипт bash, который находится на вашем локальном компьютере на нескольких удаленных серверах. Это не то, что может сделать Капистрано. Он будет запускать команды на удаленных серверах, но только если команды присутствуют на этих серверах. Если ваш bash-скрипт должен запускаться с сервера базы данных, вам необходимо загрузить скрипт на эти серверы, прежде чем запускать его с Capistrano. Если, с другой стороны, вы пытаетесь запустить скрипт, который подключается к этим серверам сам, нет причин привлекать Capistrano. Запуск команд по ssh-соединению - вот для чего он предназначен. Если бы вы могли опубликовать свой Capfile, включая задачи, которые вы пытаетесь выполнить, мы могли бы оказать вам более конкретную помощь.