Когда вы определяете ресурс развертывания таким образом, CloudFormation создаст развертывание только при первом запуске. При втором запуске он заметит, что ресурс уже существует, а определение CloudFormation не изменилось, поэтому новое развертывание не будет. Чтобы обойти это, вы можете добавить что-то вроде заполнителя UUID / timestamp к идентификатору ресурса и заменять его каждый раз перед обновлением CloudFormation: консоль API Gateway.
Если вы не хотите таким образом манипулировать своим шаблоном, вы также можете добавить Пользовательский ресурс с поддержкой Lambda в свой стек CloudFormation. Используя AWS SDK, вы можете настроить функцию Lambda, которая автоматически создаст для вас новые развертывания при обновлении API.