Вы неправильно поняли функцию опции DATA_CONSISTENCY_CHECK. Он используется для проверки того, не перекрываются ли временные диапазоны, определенные столбцами system_start_time_column_name и system_end_time_column_name в PERIOD FOR SYSTEM_TIME в базовой и исторической таблице при включении связи между базовой и исторической таблицей (это делается при выполнении команды CREATE / ALTER TABLE).
Если вам нужна дедупликация данных в исторической таблице, вы должны реализовать ее самостоятельно. Это может быть задача обслуживания, которая отключает связь, удаляет дубликаты, корректно обновляет столбцы временного диапазона и включает обратную связь между базовой и исторической таблицей.