Когда вы добавляете маркер на карту, вы можете изменить его размер следующим образом:
marker.setIcon(BitmapDescriptorFactory.fromBitmap(Bitmap.createScaledBitmap(resource, px, px, false)));
где ресурс - это растровое изображение вашего маркера, а px, px - ширина и высота в пикселях.