Это зависит от того, что вы подразумеваете под «управлять экземплярами».
Если вы имеете в виду возможность запуска новых экземпляров из AMI, настройки групп безопасности, управления EIP и т. Д., То плагин ElasticFox для Firefox великолепен (несмотря на то, что время от времени выпускаются ошибки). Инструменты командной строки, поставляемые Amazon для этой цели, могут быть хорошей основой, если вы пишете автоматизированные сценарии, но я считаю, что ElasticFox намного лучше для моей работы.
Чтобы работать непосредственно с экземплярами, я использую WinSCP для экземпляров Windows и Linux (я установил сторонний SFTP-сервер для Windows), PuTTY для Linux и Remote Desktop для Windows.