В любом случае ответ заключается в том, что вы не можете, в SE вы можете указать свойства соединения db при создании EntityManagerFactory, но соединение db все еще поддерживается EntityManager, и по уважительной причине, если вы управляете этим, вы можете зафиксировать и откат за спиной EntityManager. Если бы вы дали одно и то же соединение с БД нескольким EntityManager, это действительно было бы хаосом, я не уверен, с какой стати вы хотите это сделать.
Лучшее, что я могу предложить, - это посмотреть методы EntityManager.getDelegate () (JPA 1.0) или EntityManager.unwrap (java.lang.Class cls) (JPA 2.0), которые могут возвращать базовый поставщик (т. Е. Hibernate). ) объект, из которого вы можете вырвать соединение с базой данных, но вы наверняка не сможете его заменить.
Короче очень плохая идея.