Обычно вы сохраняете свой массив как массив numpy, выравниваете его, а затем изменяете его форму. Однако вы не можете преобразовать (1000,1000,4) в (1000,1000,3). A (1000,1000,4) имеет 1000 x 1000 x 4 элемента, которые нельзя преобразовать в массив, в котором хранятся элементы размером 1000 x 1000 x 3. Вам придется избавиться от некоторых элементов.
import numpy as np
arr = np.array(your_array)
arr.flatten().reshape((x dim,y dim ,z dim))