Я пошел дальше и использовал комбинацию удаления и добавления в качестве другого способа обновления:
x <- c(id) # a vector of row id's to delete
xString <- toString(sprintf("'%s'", x))
sql_fmt <- "delete from TABLE NAME where id in (%s)"
sql <- sprintf(sql_fmt, xString)
dbSendQuery(con, sql)
dbWriteTable(conn = con,"TABLE NAME",data frame,append = T)