Matomo получил поддержку нового формата Maxmind Geoip только в Matomo 3.5.0 с новым плагином GeoIp2. Поэтому, если вы хотите использовать его, вам необходимо обновить его до последней версии (что в любом случае рекомендуется из-за безопасности и исправления ошибок).
Единственный способ использовать новые файлы Geoip с более старой версией - использовать неофициальный GeoIP2 плагин: https://github.com/diabl0/piwik-geoip2