Спасибо @Robert Young, за то, что привел меня к нужному сообщению Как разрешить python3 import graph-tool, установленный Homebrew?
Потому что numpy и scipy являются зависимостями graph-tool, они были установлены автоматически с помощью home-brew при установке графического инструмента.
После редактирования команды, показанной в связанном решении, я добавил символическую c ссылку между графическим инструментом и моим python
ln -s /usr/local/Cellar/graph-tool/2.33/lib/python3.8/site-packages/graph_tool /Users/aamodpant/.pyenv/versions/3.8.5/lib/python3.8/site-packages
добавлены похожие ссылки между numpy, scipy и python
ln -s /usr/local/Cellar/numpy/1.19.1/lib/python3.8/site-packages/numpy /Users/aamodpant/.pyenv/versions/3.8.5/lib/python3.8/site-packages
ln -s /usr/local/Cellar/scipy/1.5.2/lib/python3.8/site-packages/scipy /Users/aamodpant/.pyenv/versions/3.8.5/lib/python3.8/site-packages