Если сервером является Windows 2000 (или более ранняя версия), LINQ не будет работать, поскольку вы не можете установить DotNet 3.5. Однако, как упоминал Патрик, не используйте параметр CLR, который вы видите в IIS, поскольку может показаться, что на машине установлено только 2.0, даже если установлен 3.5.