На самом деле это невозможно сделать через файл requirements.txt. Однако, если вам необходимо использовать NLTK для wor dnet и punkt, вы можете иметь 2 файла. И загрузите данные nltk в один и импортируйте этот файл в свой основной файл. Например,
nltkmodules.py:
import nltk
nltk.download('wordnet')
nltk.download('punkt')
main.py:
import nltkmodules
# Rest of Code goes here
В свой файл requirements.txt можно просто включить:
nltk==3.5