Ошибка предполагает, что ваше приложение косвенно ссылается на класс com.ibm.wsspi.cluster.Identity, поэтому этот класс нужно будет добавить в путь к классам для шага ejbDeploy. У команды ejbdeploy для этой цели есть опция -cp. Этот конкретный класс доступен в JAR-файлах тонких клиентов WebSphere. Например, если это приложение JAX-WS, вы можете включить <WAS_INSTALL>/runtimes/com.ibm.jaxws.thinclient_9.0.jar в путь к классам ejbdeploy.
В качестве альтернативы, начиная с WebSphere Application Sever v9.0.5.0, шаг EJBDeploy больше не требуется, если приложение не содержит компонентов EJB Entity. Артефакты развертывания будут генерироваться для вас динамически во время выполнения по мере необходимости. Обратите внимание: поскольку ваше приложение действительно включает удаленные интерфейсы EJB, вам все равно может потребоваться сгенерировать классы-заглушки RMI при использовании тонкого клиента. Классы-заглушки могут быть созданы с помощью RMI C из JDK (с параметром -iiop s) или команды createEJBStubs из WebSphere.