Вы столкнулись с ошибкой, которая уже была исправлена. FFmpeg 3.4.6 устарел.
Разработка FFmpeg очень активна, поэтому рекомендуется всегда использовать последнюю версию, такую как сборка, полученная из текущей git главной ветки.
Или по крайней мере, при возникновении проблем обновление должно быть первым шагом.
Вы используете Ubuntu, поэтому вы можете получить уже скомпилированный ffmpeg с johnvansickle.com (см. FAQ для инструкций по установке) или следуйте пошаговым инструкциям на FFmpeg Wiki: Руководство по компиляции Ubuntu .
После обновления вы можете запустить эту команду:
ffmpeg -i vid1.mp4 -i vid2.mp4 -i vid3.mp4 -i audio1.mp3 -filter_complex "[0:v][1:v][2:v]concat=n=3:v=1:a=0,format=yuv420p[v]" -map "[v]" -map 3:a -shortest -movflags +faststart output.mp4