Ошибка при использовании библиотек "EpiEstim" и "ggplot2" - PullRequest
Новая
       25

Ошибка при использовании библиотек "EpiEstim" и "ggplot2"

0 голосов
/ 04 августа 2020

Прежде всего, я должен сказать, что я совершенно нуб в R. Так что заранее прошу прощения за то, что обратился за помощью с такой простой задачей. Моя задача - сформировать график случаев COVID-19 за определенный период, используя данные из файла CSV. К сожалению, на данный момент я не могу связаться с человеком из Всемирной организации здравоохранения, который предоставил данные и скрипт для запуска. Но у меня осталась ошибка, которую я не могу исправить ни сам, ни с помощью Google.

script.R 

library(EpiEstim)
library(ggplot2)
COVID<-read.csv("dataset.csv")
res_parametric_si<-estimate_R(COVID$I,method="parametric_si",config=make_config(list(mean_si=4,std_si=3)))
plot(res_parametric_si)

набор данных. csv 

Date,Suspected per day,Total suspected,Discarded/pending,Confirmed per day,Total confirmed,Deaths per day,Deaths Total,Case fatality rate,Daily confirmed,Recovered per day,Recovered total,Active cases,Tested with PCR,# of PCR tests total,average tests/ 7 days,Inf HCW,Inf HCW/d,Vent HCW,Susp per day
01-Jul-20,1239,91172,45285,889,45887,12,1185,2.58%,889,505,20053,24649,11109,676684,10073,6828,63,,1239
02-Jul-20,1249,92421,45658,876,46763,27,1212,2.59%,876,505,20558,24993,13167,689851,9966,6874,46,,1249
03-Jul-20,1288,93709,46032,914,47677,15,1227,2.57%,914,597,21155,25295,11825,701676,9915.7,6937,63,,1288
04-Jul-20,926,94635,46135,823,48500,22,1249,2.58%,823,221,21376,25875,9934,711610,9957,6990,53,,926
05-Jul-20,680,95315,46272,543,49043,13,1262,2.57%,543,327,21703,26078,6696,718306,9963.7,7030,40,,680
06-Jul-20,871,96186,46579,564,49607,21,1283,2.59%,564,490,22193,26131,9343,727649,10303.9,7046,16,,871
07-Jul-20,1170,97356,46942,807,50414,23,1306,2.59%,807,926,23119,25989,13568,741217,10806,7092,46,,1170

Ошибка

Ошибка в process_I (incid) (script.R # 4): incid должен быть вектором или фрейм данных с i) столбцом с именем «I» или ii) двумя столбцами с именами «локальный» и «импортированный».

1 Ответ

1 голос
/ 06 августа 2020

Для данных примера проблема, похоже, заключается в том, что они охватывают только 7 точек данных, и конфигуратор предполагает, что там он может работать более 7 дней. Для меня сработал следующий код (работающий в том смысле, что он не выдает ошибок). 

config <- make_config(incid = COVID$Daily.confirmed, 
                  method="parametric_si", 
                  list(mean_si=4,std_si=3, t_start = c(2,3),t_end = c(6,7)))
res_parametric_si<-estimate_R(COVID$Daily.confirmed,method="parametric_si",config=config)
plot(res_parametric_si)
...