Что ж, лучшая идея - не держать сгенерированные файлы (например, .mo файлы) под контролем версий.
Если вы все еще хотите, чтобы они были в Git, используйте стандартные способы разрешения конфликтов.
Например, вы можете получить любую версию конфликтующего файла:
git checkout --theirs -- dir/file.mo
git checkout --ours -- dir/file.mo
Или используйте git mergetool
, который предоставит вам обе версии конфликтующего файла.