Если вы можете добавлять файлы вне каталога public_html, поместите все каталоги туда и поместите в каталог public_html все файлы в вашем веб-каталоге (поместите каталог sf, если он был необходим вашему приложению), в этом случае только веб файлы доступны для общего доступа, однако, если вы можете получить доступ только к каталогу public_html и не можете добавить каталог за его пределы, вы можете поместить все свои файлы в папку внутри public_html и защитить его (я думаю, что .htaccess может помочь), веб-файлы также должны быть в public_html, но вы должны изменить require_once(dirname(__FILE__).'/../config/ProjectConfiguration.class.php');
вашего index.php, чтобы он указывал на новое расположение файла ProjectConfiguration.
Но поскольку это среда общего хостинга, все же возможно, что другие могут иметь доступ к вашим файлам, но это в основном зависит от того, как хостинг-провайдер настраивает свои серверы.