С веб-сайта Apache Jena:
Apache Jena (или, вкратце, Jena) - это бесплатная Java платформа с открытым исходным кодом для создания semanti c веб-приложения и приложения для связанных данных. Фреймворк состоит из различных API, взаимодействующих вместе для обработки данных RDF.
Из OWL API Github:
OWL API - это Java API для создания, управления и сериализации онтологий OWL.
Следовательно, Jena имеет дело с RDF, а OWL API имеет дело с OWL.
Что это значит?
Короткий ответ: Примерно вы можете увидеть, как Jena работает с данными, а OWL API - со структурой. Параллель с реляционными базами данных заключается в том, что OWL API определяет схему, а RDF - записи.
Более длинный ответ: Чтобы лучше понять различия между OWL и RDF, посмотрите ответы из это ТАК вопрос.