Я не мог понять, ответили ли вы в комментариях выше, была ли виртуальная среда активирована или нет. Может случиться так, что VSCode выполняет команду из места, где существуют исполняемый файл python и модуль pytest.
Один из вариантов - установить pytest глобально и посмотреть, поможет ли это (вы можете удалить его позже для очистки вашей системы, если необходимо).
В противном случае обязательно создайте виртуальную среду, активируйте ее и установите на ней pytest перед запуском вашей команды.
python3 -m venv /path/to/new/virtual/environment (e.g. ./venv)
./venv/bin/activate
pip3 install pytest
Кроме того, если вы иметь Python 2 и 3 в одной среде, что может вызвать конфликты. Можете ли вы проверить, правильная ли версия используется VSCode (я думаю, 3 из вашего примера)? Вы можете набрать Ctrl + Shift + p
и выбрать «Python: Select Intepreter», чтобы выбрать правильную версию.