Как кто-то заметил, sudo
создает новую среду, которая не сохраняет ваши экспортированные переменные. Обратите внимание:
$ export this=that
$ env | grep this
this=that
$ sudo env | grep this
$
Чтобы передать переменную, вам нужно что-то вроде:
$ sudo env this=$this | grep this
SUDO_COMMAND=/usr/bin/env this=that
this=that
Итак, в вашем случае ваш сценарий может быть примерно таким:
#!/bin/bash
salt computername chocolatey.install qualys install_args="$ARG"
без лишних кавычек. И вы бы назвали это так:
sudo env ARG="$qua" ./script.sh