Проблема не в Python, а в командной строке вашей оболочки.
$ echo "MODIFIED_FILES=$modified_files"
MODIFIED_FILES=abc.txt cd.txt
Вы видите проблему? В этой переменной будет только первое имя файла. Вот почему вы всегда должны заключать переменные в двойные кавычки.
Предложение № 2: Если вам нужна переменная среды, вы должны ее экспортировать.
№ предложения. 3: Сделайте двойные кавычки для всего имени файла и заключите имя переменной в фигурные скобки.
echo "export MODIFIED_FILES=\"$modified_files\"" > "${BUILD_NUMBER}_modified_files.txt"