Если я понимаю ваш вопрос, у вас есть два массива координат, и вам нужно поэлементное евклидово расстояние. В таком случае см. Следующий пример
>>> import numpy as np
>>> a = np.array([[1,2], [3,4], [5,6], [7,8]])
>>> b = np.array([[2,4], [1,1], [8,9], [1,2]])
Вы можете использовать numpy.linalg.norm
вместе с аргументом axis
для вычисления поэлементного евклидова расстояния
>>> np.linalg.norm(a - b, axis=1)
array([2.23606798, 3.60555128, 4.24264069, 8.48528137])